Im Jahr 1517 wurde das Salzbergwerk Berchtesgaden mit dem Anschlagen des Petersberg-Stollens durch Fürstpropst Gregor Rainer gegründet. Die hier gewonnene Sole wurde in der Saline Schellenberg zu Salz versotten. Um die Mitte des 16. Jahrhunderts machte die Produktion jährlich rund 5000 t aus.

Die geopolitische Lage Berchtesgaden war ungünstig: Im Norden erstreckte sich das mächtige Herzogtum Bayern; im Westen, Süden und Osten war es begrenzt vom Erzstift Salzburg, das auch die Alpenflüsse beherrschte. Berchtesgaden war von den Handels- und Wasserwegen abgeschnitten und mußte daher stets bemüht sein, es sich mit seinen Nachbarn nicht zu verderben.

Seit der Mitte des 16. Jahrhunderts begann sich Bayern zunehmend für Berchtesgaden zu interessieren. Ein vorläufiger Vertrag von 1554 sicherte Bayern Verwertung und weitere Erschließung des Berchtesgadener Salzes zu. Auch zwischen Bayern und Salzburg kamen Ende des 16. Jahrhunderts Verträge zustande, denen zufolge die bayerische Hofkammer das Salz aus Salzburg und Hallein, Berchtesgaden und Frauenreuth zu einem festen Preis ankaufte. Bayern war Salzexporteur im großen, rund zwei Drittel des "bayerischen" Salzes wurden ausgeführt.

Doch auch der Salzburger Erzbischof versuchte in Berchtesgaden Einfluß zu gewinnen. 1611 ließ Erzbischof Wolf Dietrich den Markt Berchtesgaden besetzen und etliche Brücken niederbrennen. Mit bayerischer Hilfe kam Berchtesgaden wieder frei. Nun legten allerdings die bayerischen Herzöge ihre Hand noch fester auf Berchtesgaden. Schon seit 1594 setzten sie in Berchtesgaden die Fürstpröpste ein, und bis 1723 regierten Wittelsbacher Fürstensöhne als Pröpste über Berchtesgaden.

Der letzte Propst, Joseph Conrad von Schroffenberg (1780 - 1803), mußte sämtliche Salinen an Bayern verpachten. Wenige Jahre vor der Säkularisierung überließ er das Salz und die Forste dem bayerischen Herzog: Am 28. April 1795 schlossen der bayerische Kurfürst Karl Theodor (1777-1799) und der Berchtesgadener Fürstpropst Joseph Conrad von Schroffenberg den für Bayern so wichtigen Salinenvertrag, demzufolge "alle berchtesgadischen Salinen zu Pfann, Gries, Berg und Wälder auf ewige Zeiten an Pfalzbayern überlassen" wurden. 1803 wurde das Stift säkularisiert, zwei Jahre später kam Berchtesgaden im Frieden von Preßburg an Österreich, 1809 endgültig an Bayern.

An der Spitze der Salinenverwaltung stand seit dem Spätmittelalter der Hallinger. Er war zugleich Marktrichter und Unterwaldmeister. Das Salz gab der Bevölkerung über Jahrhunderte Arbeit und Brot.